部分高校也开始减少第二学士学位生的培养专业与人数，例如清华大学的软件学院、微电子所、中文系自2004年起就不再面向社会招收第二学士学位学生。
另一方面，第二学士学位存在的乱象，也让本来含金量颇高的这一纸证书变了味。媒体曾经曝光，一些高校开放了第二学士学位，只要具备任何高校的大学本科毕业证和学位证就可申请，很后拿到该校的学位证。
2013年，武汉大学停止了唯颁发“第二学士学位”的软件工程专业本科“第二学士学位”招生资格，重要原因就是学校发现，第二学士学位逐渐变成了招生诈骗的“工具”。文凭背后存在着黑色利益链，一些“黑中介”借第二学士学位大肆敛财。
对于为何不再招收第二学士学位，国务院学位委员会办公室负责人解释，第二学士学位是在改革开放初期，针对我国研究生教育非常薄弱的情况，以及我国人才结构实际，根据国家建设需要，提出的一种应急性人才培养渠道。随着我国高等教育的快速发展，尤其是研究生教育的蓬勃发展，对于弥补研究生教育不足而设立的第二学士学位，已基本完成了历史使命。
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